L’attuale diocesi di Lucera-Troia è stata istituita, con decreto della Congregazione dei Vescovi, il 30 settembre 1986, nel quadro del riordinamento generale delle circoscrizioni ecclesiastiche attuato dopo il Concilio. Lucera è sede episcopale molto antica. Appare chiaramente documentata dalla fine del secolo V. Dalla fine del secolo XI la serie episcopale è tramandata in modo continuo.
Alla diocesi di Lucera furono annessi, lungo il corso dei secoli, i territori delle soppresse diocesi di Fiorentino (1410 c.), di Tertiveri (1425), di Civitate (solo per il periodo dal 1439 al 1473), di Volturara e di Montecorvino (27 giugno 1818). Sempre nel passato fu suffraganea dell’arcivescovo di Benevento; dal 12 settembre 1976 entro a far parte della Regione ecclesiastica pugliese e dal 13 aprile 1979 divenne suffraganea dell’arcivescovo di Foggia.
La Cattedrale, dedicata all’Assunta, costituisce una delle creazioni più intatte dell’architettura gotica angioina nell’Italia meridionale. Figure emergenti, sul piano della santità della vita, sono stati il Beato Casotti, vescovo dalmata trasferito da Zagabria a Lucera nel 1322 e qui deceduto nell’anno successivo (e in corso per lui la causa di canonizzazione) e San Francesco Antonio Fasani ofm conv., nato a Lucera.
Il 28 ottobre 2001 è stata introdotta la Causa di beatificazione e canonizzazione del sacerdote del Clero di Lucera il Servo di Dio Don Alessandro di Troja (1801-1834); il 2 ottobre 2006 è stata introdotta la causa di beatificazione e canonizzazione del sacerdote Giuseppino del Murialdo Padre Angelo Cuomo (1915-1990).
Anche Troia è stata sede episcopale di grande importanza. La città fu fondata nel 1019 sulle rovine dell’antica Aecae (sede vescovile) come avamposto bizantino sul confine nord occidentale della Puglia contro il Ducato longobardo di Benevento.
Nel 1022, dopo la capitolazione all’assedio dell’imperatore San Enrico II, Troia passò dal rito greco a quello latino, venendo subito elevata - dal Pontefice Benedetto VIII - al rango di diocesi. Nel 1030, papa Giovanni XIX volle legare ancora più strettamente la città a Roma dichiarando il suo episcopio immediatamente soggetto alla Sede Apostolica.
Si tennero a Troia quattro Concili, presieduti rispettivamente da Urbano II (1093), Pasquale II (1115), Callisto II (1120) e Onorio II (1127). In tale cornice di eventi fu costruita la Cattedrale, espressione esemplare dell’arte romanica pugliese. L’attuale Palazzo Vescovile e del secolo XVIII. Nel 1855 fu staccata dalla diocesi di Troia la città di Foggia, che fu costituita sede episcopale “sui iuris”. La diocesi di Troia nel 1976 entrò a far parte della Regione ecclesiastica pugliese e nel 1979 divenne suffraganea dell’arcivescovo di Foggia.